Chùa cổ Hải Tạng – Cù Lao Chàm là công trình kiến trúc tôn giáo tín ngưỡng thờ Phật kết hợp thờ thánh thần nhằm đáp ứng nhu cầu tín ngưỡng của ngư dân trên đảo Cù Lao Chàm nói riêng và cho thương thuyền các nước ghé vào hành lễ cúng kính tín ngưỡng Phật giáo với cầu mong được phù hộ trên con đường làm ăn, buôn bán của họ.

Chùa được xây dừng vào năm Cảnh Hưng thứ 19 (1758) ở vị trí cách nơi này khoản 200m về phía bắc vì do bão làm hư hại nặng nề, để thuận tiện cho các tín đồ đến hành lễ Chùa được xây dựng vào năm Cảnh Hưng thứ 19 (1758) ở vị trí cách nơi này khoảng 200m về hướng đông bắc, sau vì do bão làm hư hại nặng và để thuận tiện cho các tín đồ đến hành lễ nên vào năm Tự Đức nguyên niên (1848) Chùa được dời về vị trí hiện nay và tiếp tục được tôn tạo khang trang hơn.

Chùa ở vào thế phong thủy lý tưởng, tọa lạc sát chân núi phía Tây của Hòn Lao thuộc Cù Lao Chàm, lưng tựa núi vững chãi, mặt tiền xoay theo hướng Tây – Tây Nam nhìn thẳng vào núi Bà Mộc như thể hòn xôi án ngữ. Đây là hướng nhìn lý tưởng, bởi có sự thông thoáng, tiền hậu, tả hữu phân minh. Ngay dưới chân là đồng ruộng, khu dân cư và mờ xa về đất liền là Đô thị cổ Hội An. Phía Nam có khoảng trống gió lùa trải dài qua Rừng Cấm (nay là Xóm Cấm) đưa hơi nước từ Hòn Nhờn lướt qua trước mặt thổi lên khu dốc Chùa. Theo truyền thuyết, trước đây khu này rừng rậm có nhiều trăn, rắn độc. Vì thế, để an toàn, tường thành bao bọc xung quanh chùa được xây bằng đá, cổng tam quan phía trước gồm 3 lối vào, tam quan tạo dáng vòm, mái lợp ngói âm dương và đắp nhiều con giống. Toàn bộ tam quan cao 5m, rộng nhất 1,5m, dài 6m. Kề ngay đấy là 4 trụ biểu, trên chóp trụ có khối hình hoa sen cánh lật… Dù thiên nhiên khắc nghiệt, lại phải đương đầu với nhiều trận cuồng phong hàng trăm năm qua nhưng đến nay, công trình chính vẫn vững vàng, bề thế. Tuy nhà Tây đã bị sập hoàn toàn, nhà Đông còn lại phần kiến trúc chính nhưng toàn bộ di tích vẫn toát lên vẻ hào sảng uy nghiêm hiếm thấy ở các di tích khác. Chính điện lợp ngói âm dương, bờ nóc, bờ hồi đắp nổi nhiều đường nét uốn lượn mềm mại, uyển chuyển tạo cảm giác nhẹ nhàng.

Lùi vào mái hiên khoảng 2,5m là hệ thống cửa (thường khép kín), thượng song hạ bản, gồm 3 bộ, mỗi bộ 4 cánh ngăn không gian bên ngoài với không gian nội thất. Toàn bộ nếp nhà chính này có hệ vì kèo kết cấu kiểu “chồng rường giả thủ” chia làm 3 lòng. Việc mở rộng diện tích ở đây được sử dụng biện pháp tăng thêm lòng nhà bằng cách tăng cường hệ liên kết các cây rường, cột cái, cột quân và giả thủ trong thế đỡ thẳng lên đòn tay (hoành), lòng 3 của mái trước được ngăn cách bởi hệ thống cửa tạo thành mái hiên. Với lối kiến trúc này, cộng với liên kết ngang gồm 4 vì (vài) chia làm 3 gian, tạo cho không gian nội thất của chùa thông thoáng, vừa có chiều cao, vừa có chiều sâu và mở rộng.

Nội thất chùa lộng lẫy nhờ hệ thống hoành phi, câu đối sơn son thếp vàng, uy nghiêm, lớp lang huyền ảo thiêng liêng nhờ hệ thống tượng thờ đồ sộ trên những bàn hương án tả hữu, trước sau như những mạch tiếp nối huyền bí thẳm sâu trong khung cảnh đường bệ đầy màu sắc. Nổi bật là bộ Tam thế Phật bằng hợp chất gồm 3 tượng. Kế đến là tượng Thích Ca ngồi trên đài sen…

Chùa có nhiều truyền thuyết nhưng cư dân ở đây vẫn tâm đắc nhất câu chuyện về việc xây chùa. Tương truyền các cây cột được làm từ ngoài Bắc đem về làm một chùa nào đó trong Nam nhưng khi về đến Cù Lao Chàm vì trời tối nên phải neo ghe nghỉ lại. Sáng ra, ghe kéo neo đi tiếp, nhưng thật lạ lùng, biển tự dưng sóng dậy, ghe cứ xà quần, tới lui lòng vòng không đi ra khỏi Lao. Sau có người trong đoàn lên cúng xin keo mới biết dàn cột này phải để lại dựng chùa cho Cù Lao Chàm không được đem đi. Vì thế chùa dựng lên lấy tên là Hải Tạng. Hải là biển, Tạng là kinh, ý nói Chùa là nơi hội tụ kinh tạng mênh mông như biển. Một ý khác là Kinh Tạng của Nhà Phật đây được hội tụ từ mọi con đường trên biển.

Cùng với sự hiện diện gần như nguyên trạng về kết cấu kiến trúc, mỹ thuật, cách bố trí tượng thờ nguyên thủy của thời kỳ Tam giáo Đồng nguyên trong Phật giáo ở Hội An, chùa Hải Tạng là nguồn tư liệu quý trong việc nghiên cứu khoa học trên nhiều lĩnh vực. Hiện nay, khi Cù Lao Chàm trở thành khu Dự trữ Sinh quyển Thế giới, di tích là một bức tranh trong tổng thể di tích, danh thắng Cù Lao Chàm.